Windows 2000的文件系统引起用户质疑 

Windows 2000的文件系统有可能和Windows NT 4.0的NTFS文件系统发生冲突。对于那些从以前版本的NT系统向Windows 2000转移的用户来说，文件系统的覆盖可能不会引发任何问题。但是，如果用户在转移中途决定放弃，或者在最终转移到正式的Windows 2000之前，他们使用的Windows 2000测试版过期，问题就会随之而来。
如果在系统中以双重引导方式既安装Windows 2000，又安装Windows NT 4.0，Windows 2000将改变所有NTFS分区，而且操作程序无法逆转。这样一来，Windows NT 4.0将无法再检查或修复文件系统出现的问题。如果用户在Windows 2000测试版过期后，并不希望马上升级到Windows 2000，而是希望继续使用Windows NT 4.0，那他此时唯一能做的只有重新格式化硬盘并从头安装和配置Windows NT 4.0。一位咨询顾问表示，在某些疑心较重的用户看来，这简直是在强迫他们升级到Windows 2000系统。