不过，SAN的优点并不能弥补其需要进行维护才能保障SAN最佳性能和可靠性的弱点。
对于SAN来说，最重要而又最为被忽视的问题是SAN存储系统的碎片整理。随着SAN环境被广泛的应用实施，许多Windows Server管理人员认为，当使用直接存取存储设备时，碎片整理的作用并不大。"Chernicoff认为这是IT管理员们所疏忽的一个最具实用价值的问题。
当SAN涉及到服务器操作系统时，其就无法得到保障。对于操作系统来说，SAN经常会作为本地连接存储系统。通常，在SAN存储中操作系统无法感知存储类型，也不能优化存储模式。
这就意味着，SAN无法阻止碎片产生或处理碎片。当你将信息存放在SAN时，文件级的碎片会影响到操作系统的文件存取功能。这些并不是SAN所造成的，并且这也超出了SAN的使用范围。
存储管理员不会在SAN运行效率下降的时候考虑到碎片问题。当运行性能下降时，许多管理员都会胡乱猜想是不是空间不够导致了问题，以致盲目添加额外的存储。他们并没有考虑到这有可能是Windows Server写入时出现的碎片导致性能和可靠性下降--这不仅会在DASD或NAS上出现，SAN上同样也会出现。
碎片往往还会降低应用程序的性能。应用程序响应时间开始增加，其需要更长的时间来进行文件的加载，并且应用程序从存储的加载也需要更多的时间。这时你的IT团队可能会收到各种投诉电话，其真正问题可能就是碎片耽误了用户处理数据的时间。
目前SAN还没有对于碎片的管理功能，这就需要从源头来解决碎片问题。当然，最理想的解决方案是阻止这种情况的发生。这就意味着使用SAN时要应用相应的技术，尽量减少碎片数据的写入，以便你在使用SAN时减少使用时间，增大磁盘I/O数量。从而降低你的运营经费，提高I/O效率。
